Assassin's Creed Rogue se passa durante a Guerra dos Sete Anos, em 1751.

Desta vez você não jogará como um assassino, mas sim no lado oposto da história: um templário buscando vingança.

Você estará na pele de Shay Patrick Cormac, um homem que deixou a ordem dos Assassinos após uma missão que deu terrivelmente errado, sendo traído pelos membros da ordem que chamava de irmãos.

Após isto ele se torna o caçador de assassinos mais temido da história.